200年前，超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽，人类发明了超元卡装置，将怪兽封印在超元卡中，结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡比赛的少年，但是体质特殊的他无法控制好超元卡中的怪兽能量。一天，他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个神奇的卡盒。云天决定前往寻找4张传说超元卡，希望用向超元卡许愿的方式找回哥哥。就这样，云天告别了父母，踏上旅程

击败终极歼灭者后，海阳博士为帮助众人返回现世空间而启动聚核基因石，却不慎引起能量爆炸。爆炸的基因石碎片进入了不同的空间缝隙，引起空间缝隙能量失衡，导致大量时空异常现象出现。为避免时空交错，引发空间混乱，海澄与变形联盟四位成员开始寻找并修复出现的空间缝隙。另一边，浩肯星一方也派出精锐部队来到地球，旨在抢夺基因石碎片能量，消灭变形联盟。面对修复空间缝隙的艰巨任务，面对来自浩肯星新的敌人和威胁，海澄和变形联盟成员毫不退缩，全力以赴。他们凭着过人的机智，

A.S. 122年―― 这是许多企业进出宇宙，建构起巨大经济圈的时代。 从水星转学到阿斯提卡西亚高等专门学园的斯莱塔·墨丘利， 作为米奥莉奈的新郎，作为股份有限公司高达的一员，度过了充满邂逅与刺激的学园生活。 自奎达工厂发生的事件至今已过了两个星期。 斯莱塔身处学园，日日衷心期待米奥莉奈再会之日的到来。 而米奥莉奈则置身贝纳里特集团本部，紧盯着父亲的状态。 新的困难袭向两人，并且将被迫做出决断。 少女们将各自的思想心怀于胸，前行面对高达所带来的强大诅咒。

在未来，由于地球资源枯竭，人类面临着严重的死亡威胁、感染疾病、饥荒和战争，地球即将走向灭亡。一组科学家推出“立方计划（HEXA）”，旨在于太空中探索和寻找一个人类可居住的星球。

地球的文明在2050年，已经高度发达，人类发明了多种机器人来帮助人类开发能源，但此类机器人在经过长时间使用后，都被地球人废弃在山脚下，被地球人当成了垃圾。