这部《雄霸天下》的故事紧接《岁月风云》展开。陆云生（吕良伟 饰）场面做大，他为人重情义不计开销导致入不敷出，遂计划涉足银行业，岂料上海各银行家集体抗拒。陆请动古羽（苗侨伟 饰）协助，终令银行家们低头服输……1937年，政府推行“新生活”运动，陆云生放弃鸦片生意带头戒毒，结果险些丧命，不久卢沟桥事变爆发，陆云生为支持抗战捐赠战机，却仍没有挽回上海沦陷的结局，是役更导致他众多门生身亡。陆云生为躲避日本人暂居香港，期间黄金荣（郑则仕 饰）留沪装傻；袁肃军（徐锦江 饰）投靠日军成为汉奸，陆云生只得派出阿山（汤镇业 饰）刺袁。

身陷囹圄的李问（郭富城 饰）被引渡回港，他原本隶属于一个的跨国假钞制贩组织。该组织曾犯下过多宗恶性案件，而首脑“画家”不仅始终逍遥法外，连真面目都没人知道。为了逼迫李问吐露“画家”真实身份，警方不惜用足以判死刑的假罪证使其就范。就在此时，富有的遗孀阮文（张静初 饰）申请保释李问，而警方提出的条件依然是“画家”的真面目。

警队的“绝密档案”，是指至今仍未侦破，科学查证又不能合理解释的悬疑案件。阳任职警察部专案小组十多年，对这些谜题甚感兴趣，奈何职权所限，遂决定与好友Judy请辞警队并成立天眼研究所。成立第一天，一位神秘人物出现，提供经费并留下Helen的失踪档案。经调查后，二人发现Helen与失落文明玛雅文化有关，考古学家推论这文明乃外星人所建立，更与末日预言扯上关系

卫斯理（李子雄 饰）的朋友李同（刘锡贤 饰）每晚都受到楼上的噪音侵扰，无法入眠。某晚他终于忍无可忍，上楼质问，发现楼上住着一个老人、少女（叶蕴仪 饰）和一只黑猫。次日楼上住户搬家，李同一方面好奇他们夜间的举动，一方面被女孩和黑猫的神秘气质所吸引。他走进楼上单元查看，却看到一滩血淋淋的猫的内脏李同将此事诉于卫斯理，后者直觉认为女孩系外星生物。事实正如卫斯理所料，来自外星的女孩和黑猫因故滞留地球，只有找到八角器才能帮她们重返故乡，而另一方面，外星杀手则欲置她们于死地……

韦氏生化城最近发生连串离奇失踪案件，令员工陷入一片恐慌，坊间流传失踪者被吸进异度空间，所以很多员工拒绝上班，因此韦氏生产陷入瘫痪状态，韦遂致电铁男求助。铁男首先向目击者祖儿了解事件经过，她也对异空间之说深信不疑，铁男对此抱怀疑态度，及后发觉其中几名员工有可疑，可能是幕后黑手。于是继续向其他目击者录取口供，发现所有人都不是亲眼目击而是道听途说，于是展开深入调查……

故事起源于十五年前一个家庭一直竭力保守的秘密，要掀开被遗忘、被剥夺的记忆，同时要制裁自己最信任的亲人。刚由外国返香港嘅实习护士樊雪儿因为一宗蝴蝶刀连环杀人案，怀疑15年前母亲的死有可疑。在心理学权威教授大哥樊博权的催眠治疗同另一个阿哥樊承天帮助下，进行回忆潜行。深入过去的黑暗世界，揭开母亲的死亡真相。追溯一段段扑朔迷离的回忆时，危机逐步逼近。爱的尽头迎来的竟然是善恶颠倒的开端。

惠宜（张可颐 饰）天性好赌，只要是和赌有关的任何事情，她都想在里面掺一脚，只是惠宜的运气似乎极差，大多数的赌局她都以失败告终。一天，在一条游轮上，惠宜又上了赌桌，和往常一样，很快的，她的兜里就输的一毛钱也不剩了。气愤之中，惠宜来到甲板上散心，偶遇了勤杂工毕比特（雷宇扬 饰），毕比特告诉惠宜，她之所以运气这么差是因为没有按时祭扫已经去世的双亲的墓。

武林在经历连番血战平静了三十年后，七十二路烽烟再起，掀起了又一轮征伐。其时有书生方红叶（刘兆铭 饰）撰写系列武林秘记《红叶手札》，专事披露武林秘史。某日，一家书店受托印制红叶手札，不想店长等人却招来杀身之祸，七十二路烽烟之十色旗主田风（黄树棠 饰）部下将杀害店长之凶手截杀。几日后，沈家堡堡主沈青（张国柱 饰）向田风求援，女侠青影子（米雪 饰）随田风等人赶至沈家堡，与先行受邀抵达的方红叶一同会见沈青。昔日兴旺的沈家堡已人去堡空，原来沈青幼年时，沈家受了杀人蝴蝶的诅咒，如今诅咒兑现，杀人蝴蝶潜入沈家堡各处行凶。田风等人出于江湖道义留下探究蝴蝶杀人之根由，却不知陷入了沈家堡与天雷堡的一场隐秘仇怨……

飞虎队督察Mike（王敏德）被下放到环境复杂的红番区后，成为一群散漫的生番警察的领导，这群人中尤其烂鬼东（黄秋生）最让他头痛，此人曾殉私让其杀了人的黑帮好友Roy（张耀扬）潜逃，初来乍到时，Mike吃尽他带头搞的苦头。Roy的心腹图钉华（谭耀文）借大佬潜逃坐上第一把交椅 ，成为Mike等人眼中的头号敌手。

某集团会计张志恒（张家辉 饰）为肥威所惑做假账，令公司亏空一千多万。事后肥威外逃，志恒被商业调查科起诉入狱9个月，他的老板更因缺钱致使妻子病故。9个月的牢狱之灾让志恒受尽欺凌与耻辱，不过他也因此结识了千中高手陈十四（王晶 饰）。志恒为其赌技和千术所折服，遂拜其为师，陈十四业刚好需要拍档对付陷害他的龙王（张兆辉 饰），两人一拍即合。志恒天资聪慧，尽得十四真传。两人出狱后先是惩治了当年欺骗十四的女千手，之后将目标锁定在龙王身上。在此过程中，志恒偶然发现十四竟打算将自己当作代罪羔羊。

小职员阿池（黄又南 饰）于凌晨坐上了一辆由九龙旺角开网新界大埔的红色小巴士，车上有司机肥雪（林雪 饰）、义气大叔黄万发（任达华 饰）、神婆（惠英红 饰）、IT男阿信（徐天佑 饰）以及美女Yuki（文咏珊 饰）、吸毒佬（李灿森 饰）等17人。原本平静的夜晚，在小巴穿过狮子山隧道后突然被打破，众人发现除了车上的乘客，全香港的居民仿佛都消失了，一系列的神秘事件接踵而至，大家惊恐之余决定打造统一阵线，以解救自己开启谜团。

轰动全港的林氏家族凶杀案踏入审讯最后一天，陪审团准备退庭商议时，成员之一许立生（张家辉饰）突然收到女儿茵茵（艾米饰）被绑架的消息，神秘人要求曾为国际催眠权威的立生通过催眠术令陪审团裁定被告谋杀罪名成立，否则其女儿将被撕票，这也就意味着立生必须在狭小的空间内、众目睽睽之下，不用专业工具隐秘地催眠至少4个人。立生偷偷将茵茵被绑架的讯息转发给曾为国内特种部队成员的小舅杨凯（张翰饰）后，进入了退庭商议室…

政治部警官任达华，在追查一宗军火案时，怀疑机场海关货仓主管苗侨伟为案中内鬼，苗被停职调查，后更被杀。苗的妹妹凤及妹夫吕俱为特警队督察，怀疑苗之死与任有关，决定调查。却原来军火案乃苗之上司威龙与黑帮头子高飞合作，为怕苗碍事，将他杀死。现更设计陷害吕一家人。吕之女儿恩恩更无辜惨死。吕、凤誓报此仇，展开一场恶斗。