这部全新“星战”动画系列《星球大战：反叛军》的故事发生在介于《星战》第三章和第四章之间（摧毁最后的绝地武士的帝国反击战）的纪元。而《星球大战：克隆战争》动画系列片导演戴夫·费罗尼将出任这部全新动画系列的监制。片中的艺术概念则将采用曾为“星战”系列电影设计过经典角色和场景的 已故科幻大师拉尔夫·麦考瑞的作品。《星球大战：反叛军》将延续星球大战冒险史诗的传统。这是银河系的黑暗时刻，邪恶的银河帝国以铁血统治占领了一个偏远的星球并行使种种破坏其人民生活的恶行，但有一群人勇敢地站起来反抗。这一群人将面临威胁恶棍的威胁，经历惊心动魄的冒险，而成为英雄。

故事发生在一片虚构的大陆之中，曾经，五个迥然不同的种族和谐的生活在这片广袤的土地之上，然而，圣战爆发了，女神族、妖精族、巨人族和人族结盟，封印了代表着邪恶的魔神族。一晃眼多年过去，里昂尼丝王国的国王预言圣战即将再度发生，圣骑士们开始加紧训练，以备不时之需，哪知道，圣骑士发动了起义囚禁了国王掌控了国家大权，人民至此开始了水生火热之中的生活。
　　第三公主伊莉莎白（雨宫天 配音）挺身而出决心拯救国家，她想到了最强骑士团七大罪，于是踏上了寻找这七名恶人的旅途。一次偶然中，身陷险境的伊莉莎白遇见了名为梅利奥达斯（梶裕贵 配音）的金发少年，他不是别人，正是七大罪的团长。

　　皮博迪（泰·布利尔 Ty Burrell 配音）是一条与众不同的小狗，它拥有绝伦无比的高智商，因此注定拥有迥异于同类的“狗生”。它持有哈佛学位，成功开发了新能源，圆满解决地缘政治，还创立了属于自己的公司。皮博迪偶然机缘下收养了和它有着类似经历的人类小孤儿舍曼（麦克斯·查尔斯 Max Charles 配音），它如同慈父一般悉心教育着他的儿子，并利用自己开发的时光机带舍曼回到未来每一个重要时刻，亲身经历书本上枯燥的历史事件。转眼舍曼到了上学的年龄，他丰富的历史知识得到老师表扬，却也引来高傲的小姑娘佩妮·彼得森（阿芮尔·温特 Ariel Winter 配音）的嫉妒和欺负。舍曼和佩妮的冲突使皮博迪陷入前所未有的艰难境地，为了保住对舍曼的抚养权，它想尽办法取悦佩妮的父母和相关机构负责人。                                                                            　　而就在那个晚上，舍曼和佩妮竟偷偷乘上时光机，进行了一次惊心动魄的时空大冒...

Kwazii 和 Dashi 被一种奇怪的深海生物 — — 管水母 — — 缠住了。当喷泉将它喷向水面时，海底小纵队必须阻止它上升，否则它就会爆裂而死亡。

在与查希尔一战后，三年间科拉缓慢地从当时所造成的严重伤害中复原并开始独自在世界各地旅行，企图找回与光之灵拉瓦的连结，但一直无法逃离内心恐惧的阴影。另一方面，曾担任素音保安队队长的库维拉偕同一批效忠于她的御金师整合了支离破碎的土强国，并拒绝将权力归还愚蠢的王位继承人：吴太子，她宣布即刻建立“土之帝国”。 在库维拉强硬攻占了兆服之后，她的下一个目标指向了共和城。科拉必须设法找回自己与拉瓦的连结，并阻止库维拉的野心。

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美琪（赵金麦 饰）、美雪（刘黛希 饰）参加第五级魔仙考试不及格，用真诚打动魔仙女王（王慧 饰），获得重考的机会，但不及格还是要受到惩罚，她们被指派到魔仙藏书室打扫。
　　魔力强大的费多巴（崔倓 饰）设谋进入人类世界四出破坏，控制少女妙妙（杨心仪 饰），要挟美琪、美雪等放弃魔法…… 三人法力不敌费多巴，在对战过程中，幸好游乐王子（徐可 饰）及时出现为其解围，三人才丝毫无损，但黑精灵费多巴也借机逃跑了。魔仙女王命令游乐参与寻找费多巴，并提醒小蓝（陈雨薇 饰）、美琪、美雪三人——费多巴一定会不甘罢休。
　　危急之中，小蓝携手美琪、美雪战胜了邪恶的费多巴。
　　由于小魔仙们这次将功补过，魔仙女王破例允许美琪美雪能够继续当见习小魔仙，妙妙与萱萱等人也平息干戈化作好友，妙妙还受到萱萱的邀请，加入舞蹈剧团，一同快乐地参与演出，用充满爱与友情的心，为台下的观众献上精彩感人的歌舞剧。