关东与关西在无人察觉的情况下暗中争夺霸权。忍者潜伏在阴影中。关西忍者后裔不断骚扰关东。与此同时，四名转学生抵达东京的一所女子高中。她们的真身是被派去保护东京的忍者后裔——JK忍者女孩！
《新宿天鹅2》的故事舞台随着同名漫画续作发展，搬到了日本横滨上演。男主角白鸟龙彦（绫野刚 饰）将与浅野忠信所饰演的“横滨巫师”社长泷正树正面对抗，在漫画中，泷正树是“新宿天鹅史上最恐怖的敌人”，这个角色，由怪咖影帝浅野忠信来演绎简直再合适不过。
