故事发生在水果世界之中。曾经，这里笼罩在宁静和祥和的氛围之下，直到有一天，守护着这个世界的七彩莲花被偷走了，噩梦开始了。邪恶的老板霸占了七彩花果山，在那里建造了一间水果加工厂，老板手下有着邪恶的四名爪牙，他们分别是天下无贼（李团 配音）、乱臣贼子（赵然 配音）、认贼作父和贼眉鼠眼（鞠月斌 饰）。每当工厂需要生产果汁时，四人便会触动抓来水果村的村民们将它们作为原料。英雄（赵然 配音）和无极（陈铁 配音）是果冻学园里两位德高望重的师父，他们深入敌后想要制服老板，却反而落入了陷阱之中。橙留香（陆双 配音）、菠萝吹雪（祖晴 配音）和陆小果（王巍 配音）三剑客为了拯救师父而踏上了旅途。
《晶码战士》是一部大型科幻动画片连续剧，以“环保”为主题，围绕“历险”、“励志”展开，讲述了四位主人公与他们的晶码兽为了保护地球，与外星球邪恶集团作斗争的故事。
